La secuenciación de ADN es una técnica que permite garantizar la seguridad y calidad alimentaria al poder identificar todos los microorganismos en una muestra, es decir, la microbiota, y conocer la composición cuantitativa microbiana en alimentos, animales, vegetales, aguas y suelo.
También permite obtener el genoma completo de un microorganismo e identificar genes de interés en procesos fermentativos que mejoran la calidad de alimentos como los lácteos y embutidos, o genes relacionados con mecanismos de resistencia a los antibióticos y otros genes como los de virulencia de un patógeno, para reducir el uso de antibióticos o realizar un diagnóstico precoz de enfermedades o de posibles problemas de seguridad alimentaria.
El laboratorio de Biología Molecular y Secuenciación del Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León (Itacyl) lleva seis años utilizando esta técnica denominada secuenciación masiva (High Throughput Sequencing, HTS). Su aplicación ha permitido analizar más de 5.000 genomas bacterianos, 34.000 genomas víricos y 4.000 microbiotas de origen alimentario, agrario, animal y humano.
Es un reto para la salud humana y la animal conocer los microrganismos que existen y se comparten entre el hombre, los animales y el ambiente, en particular la transmisión de las multirresistencias a antibióticos, así como los microorganismos alterantes de los productos y también aquellos beneficiosos para la calidad de los alimentos y el estado de la salud humana (probióticos), sobre todo en productos fermentados como lácteos, embutidos crudos curados, jamones y vino.
Productos cárnicos ibéricos
Itacyl cuenta con equipos de secuenciación que permiten leer miles de millones de secuencias o fragmentos del ADN de forma económica, rápida y sencilla que posteriormente se procesan mediante potentes servidores bioinformáticos. El centro dependiente de la Consejería de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural ha realizado, entre otros estudios, la caracterización microbiana en productos cárnicos curados ibéricos como control de calidad, demostrando que hay una relación entre la excelencia del producto y su tipo de microbiota.
En concreto, se han estudiado paletas de bellota de siete empresas diferentes, elaboradoras de productos 100 % ibérico (precinto negro) y de paletas de bellota 75 % – 50 % ibérico (precinto rojo). Todas las paletas cumplían los requerimientos de la norma de calidad en cuanto a la edad, peso de las canales, tiempo de procesado y peso de la pieza.
El estudio microbiológico llevado a cabo en paletas de bellota ibérica se complementó con el estudio de los parámetros fisicoquímicos, que se ven afectados, principalmente, por el lugar de producción.
Sin embargo, a nivel de microbiota, las diferencias entre productos elaborados con piezas con diferente porcentaje de ibérico son pequeñas. Las diferentes proporciones en las que pueden encontrarse permiten establecer diferencias entre paletas e identificar aquellas con problemas de calidad. La microbiota externa es muy característica del lugar de producción mientras que la microbiota interna es más estable.
La técnica de la secuenciación tiene como ventaja, además, poder estudiar las comunidades de microorganismos que no pueden cultivarse en laboratorio y por lo tanto no son identificados por las técnicas tradicionales.
Otra ventaja es que la utilización de esta tecnología como control de calidad, no requiere tomar una muestra interna del producto, en el caso del jamón o paletas se realiza la cala, lo cual implica una pérdida económica al productor.
En el Itacyl se trabaja en la competitividad del sector agrario y agroalimentario, a través de servicios a empresas y el desarrollo de proyectos en colaboración con sector, utilizando esta tecnología que ha permitido un gran avance en el ámbito de la sanidad animal y humana y en la seguridad alimentaria, así como su aplicación también en la mejora de la calidad de los alimentos, con ejemplos de productos tan emblemáticos, de la Comunidad como el jamón ibérico. Esta técnica de secuenciación está disponible para que el sector pueda aplicarla en sus procesos.
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