La política de eliminación de la autorización de comercialización de una gran parte de materias activas en la UE deja en una situación delicada a una buena parte de los llamados cultivos menores, que son aquellos que ocupan una superficie relativamente reducida, como pudieran ser la lavanda, achicoria, aromáticas, determinadas hortalizas etc.
La legislación europea obliga a las empresas fabricantes de materias activas fitosanitarias a demostrar la seguridad de sus compuesto de una forma extremadamente rigurosa, lo que supone unos gastos muy importantes. De esta forma, en muchos casos no se renueva la autorización de comercialización de determinadas materias activas no porque supongan algún problema de seguridad, sino porque su limitado mercado y falta de interés comercial hace que las empresas de fitosanitarios no están dispuestas a asumir el coste de mantener el registro de productos que tienen un mercado muy pequeño.
Esta posible falta de productos de protección vegetal puede hacer que algunos de estos cultivos puedan verse muy limitados o incluso desaparecer al no poder producir de forma rentable. Por otro lado el que existan solo unos pocos productos en un determinado cultivo supone un riesgo mayor de aparición de resistencias en plagas y enfermedades.
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