Según los borradores del Plan Estratégico Nacional elaborados por el MAPA para la programación de los fondos de desarrollo rural 2007-2013, existirán 17 programas regionales, que incluirán un número muy reducido de medidas denominadas horizontales. En las reuniones sobre este documento mantenidas con distintas asociaciones y con las Consejerías de Agricultura de las CC.AA., el MAPA ha indicado que no habrá normas básicas estatales (los habituales Reales Decretos) para regular las ayudas que se engloben en estos programas (instalación de jóvenes, inversiones en explotaciones, programas Leader y Proder, cese anticipado, indemnizaciones compensatorias en zonas desfavorecidas, ayudas agroambientales, etc.). De este modo, cada Comunidad Autónoma podrá fijar los niveles de ayuda y requisitos que considere oportunos, desapareciendo la armonización que hasta ahora pretendía asegurar la legislación estatal, en base a la competencia constitucional de ordenación general de la economía.

Este cambio no responde a ninguna alteración de las competencias de las Comunidades Autónomas, que en materia de agricultura siguen siendo las mismas, sino más bien a un distinto enfoque político del MAPA. Es probable que, de confirmarse, acabe provocando desigualdades significativas en las ayudas percibidas por los agricultores de los diferentes territorios españoles, como ya viene ocurriendo ahora entre los diferentes Estados de la UE. En la perspectiva de un reforzamiento futuro de las ayudas de desarrollo rural a expensas del “primer pilar” de la PAC, este cambio de rumbo adquiere una importancia todavía mayor.

En sentido contrario, el MAPA querría conservar un porcentaje en torno al 2% de los fondos FEADER, que sumarían unos 150 millones de euros, para gestionarlo centralizadamente. Una parte de estos fondos financiarían la “red rural nacional” prevista en los reglamentos, que en el período 2000-2006 funcionó con solo 3,7 millones de euros. El grueso se destinaría a proyectos de “cooperación interterritorial” que abarquen varias CC.AA.. El precedente más directo son los 5 grupos Leader que el MAPA seleccionó y gestiona en 2000-2006 (“Puente de los Santos”, “Peña Trevinca”, “Prepirineo”, “País Románico” y “Os Ancares”), que en su día provocaron fuertes tensiones con varios gobiernos autonómicos que se oponían a su puesta en marcha. Estos 5 grupos han dispuesto de casi 20 millones de euros de FEOGA en 2000-2006, cantidad muy inferior a la que ahora propone el MAPA conceder y gestionar desde Madrid en el próximo período.