La Oficina Europea contra el Fraude (OLAF) realizó una investigación desde mayo de 2000 a marzo de 2001 sobre la concesión de las ayudas al lino en España. Tras la investigación, en la que se realizaron inspecciones sobre el terreno, OLAF detectó que se habían producido irregularidades en la concesión de las ayudas y una gran deficiencia en el sistema de control.

En consecuencia, la Comisión Europea decidió aplicar una corrección financiera de 113,4 millones de euros. Esta cantidad representa el 100% de todas las ayudas pagadas a España para el sector del lino durante las campañas 1998/99 y 1999/2000.

El Tribunal Europeo de Primera Instancia ha confirmado la decisión de la Comisión. Este dictamen todavía podría ser apelado.