La controversia sobre los organismos obtenidos mediante el uso de la ingeniería genética por sus hipotéticos riesgos para salud humana o el medio ambiente contrasta con la tácita tolerancia que existe con los obtenidos con cualquier otro método de modificación genética que sea considerado oficialmente como convencional, como puede ser el caso de la inducción artificial de mutaciones genéticas.

En un estudio realizado en Portugal se han empleado microchips genéticos para evaluar la extensión de la modificación del transcriptoma (el ADN que realmente se transcribe a RNA mensajero, cumpliendo funciones en el organismo) que sucede en plantas de arroz a las que se ha sometido a diferentes métodos de mejora genética como obtención de mutantes estables por irradiación y obtención de dos tipos de plantas transgénicas.

Las conclusiones son que tanto la mutagénesis como la transgénesis pueden causar la alteración imprevista de genes distintos de los que se pretende cambiar, pero que estas posibles modificaciones colaterales son mucho más frecuentes en el caso de la mutagénesis que en la transgénesis.

Los autores sugieren que los posibles análisis sobre la seguridad de las nuevas variedades se deberían hacer caso por caso y no solamente a los productos obtenidos por una tecnología particular (la ingeniería genética).