Los costes administrativos relacionados con la PAC desde su reforma en 2013 no aumentaron sustancialmente para los agricultores, representando el 2% del total de la ayuda recibida. En cuanto a los costes para las autoridades nacionales, que se estiman en torno al 3% del presupuesto de la PAC, han aumentado en un tercio desde la implementación de un nuevo sistema para controlar y gestionar los pagos en 2013, según ha puesto de manifiesto un estudio que ha publicado la Comisión Europea sobre este tema.

Según el estudio, los costes administrativos de la PAC son inferiores o similares en comparación con otras políticas de la UE. Por ejemplo, la tasa global para los Fondos Estructurales y de Inversión Europeos (ESIF) se estima en un 4%, mientras que los costos administrativos generales de la UE representan alrededor del 6% del presupuesto total de la UE.

Los costes anuales medios del Sistema integrado de administración y control (IACS ) se estiman en 10 €/ha de superficie agrícola utilizada (UAA), lo que supone 1.700 y 1.900 M€ para toda la UE. millones de euros. No obstante, hay grandes diferencia según Estados miembro, variando desde 2 a 208 €/ha.

Varios factores influyeron en esas diferencias entre países, como el tamaño y la estructura de su sector agrícola, la estructura organizativa de las autoridades nacionales y las opciones sobre los sistemas de tecnología de la información. Más específicamente, los datos revelaron diferencias considerables entre los Estados miembros grandes y pequeños, con costos más altos para los más pequeños, lo que se puede explicar por la economía de escala.