La Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (AESA) considera que si la EEB pudiera producirse de forma natural en los animales ovinos, la eficacia de las actuales medidas relativas a la retirada de los Materiales Específicos de Riesgo (MER), como son el cerebro, médula y bazo, tendrían una eficacia limitada. Esto es debido a que se ha comprobado que los agentes de la EEB se extienden a través de todos los tejidos del animal. La AESA también confirma la asunción de que no hay barrera para la transmisión de la EEB de las ovejas a los humanos.
En ovejas no se ha detectado la EEB de forma natural, aunque si es posible la infección en condiciones de laboratorio. Por el contrario, en cabras si se ha detectado la enfermad. Se produjo un caso en Francia en 2005.
En la UE, los análisis de Encefalopatías Espongiformes Transmisibles (EET) en ovejas se hacen con un test que permite discriminar entre EEB y scrapie (un tipo de EET sin riesgo para el hombre). Desde 2002 se han analizado más de 1,5 millones de ovejas por EET y todos los positivos han sido analizados con el test discriminatorio. No obstante, los resultados negativos no eliminan la posibilidad de que la EEB esté presente en países con una importante historia de esta enfermedad. Considerando el peor escenario, un modelo estadístico indica que el número de casos sería menor de 1 por cada 20.000 animales sacrificados.
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