La Comisión Europea ha decidido apelar ante el Tribunal de Justicia de la UE contra Alemania, alegando que no está aplicando correctamente el régimen del IVA para productores agrícolas.

La UE permite a los Estados miembros, que se pueda  aplicar un mecanismo del IVA a tanto alzado para los agricultores, de manera que cobren a sus clientes una cantidad estándar («compensación de tarifa plana») en sus productos y servicios agrícolas. A cambio, estos productores agrícolas no pueden reclamar una compensación por el IVA que ya han pagado. 

Este sistema solo se puede aplicar para aquellos agricultores y ganaderos en los que sea probable, que se enfrenten a dificultades administrativas en la aplicación de las normas fiscales ordinarias, según señala la Comisión. Sin embargo, Alemania aplica el sistema de tanto alzado por defecto a todos los productores agrarios,  incluidos los propietarios de grandes explotaciones, tengan o no dificultades administrativas de este tipo, lo que se traduce en una compensación excesiva en relación con el IVA que pagan.

Esta investigación fue iniciada por la Comisión Europea debido a una denuncia de la sectorial francesa de porcicultores, que se ha federado en el Colectivo contra el dumping fiscal agrícola en Europa. Los ganaderos franceses se quejaban que sus homólogos alemanes se beneficiaban de este IVA a tanto alzado, consiguiendo un beneficio de 3,6 € por cerdo producido. Para una explotación media de 5.000 cerdos, suponía una ventaja de 18.000 euros al año. Según la denuncia francesa, los ganaderos alemanes de beneficiaban de la diferencia entre el IVA de la venta de su producto, fijado en un 10,7% y el IVA que soportaban (9,4%).

El Colectivo ha denunciado que durante 7 años, Alemania ha aplicado este régimen a tanto alzado de manera generalizada a todos sus productores.

El 8 de marzo de 2018 , la Comisión Europea inició un procedimiento de infracción de la UE enviando una solicitud formal a las autoridades alemanas para modificar la legislación nacional sobre el IVA. En enero de 2019 se envió un dictamen motivado , que Alemania no ha cumplido.