Los Ministros de Medio Ambiente de la UE alcanzaron un acuerdo político sobre la propuesta de directiva en relación con la posibilidad de que los estados miembro restrinjan o prohíban el cultivo de OMG en su territorio. Esta propuesta, presentada en julio de 2010, vino en respuesta de una petición dirigida a la Comisión por 13 estados miembro en 2009.

El texto de compromiso permite el cultivo de OMG autorizados en la UE, dejando la posibilidad a los Estados miembro de poder prohibir o restringir en base a una lista no exhaustiva de razones, que incluye motivos medioambientales, socioeconómicos, uso de la tierra, planificación del territorio o por objetivos de política agraria. No obstante, en ningún caso, los países podrían oponerse al tránsito de OMG en su territorio.

El procedimiento consensuado se realizaría en dos etapas, que estarían vinculadas: la primera etapa (solicitud a nivel UE de una autorización a nivel UE) y la segunda etapa (solicitud nacional en todos los estados miembro done el cultivo está planeado).

Los Estados que no quisieran el cultivo de un OMG tendrían que pedirle a la empresa que solicita la autorización que se comprometa a no comercializar dicho evento en su territorio. En el caso de que la empresa se negara a este requerimiento, el país en cuestión podría prohibir su cultivo en todo o parte de su territorio. Paralelamente, los países se comprometerían a no bloquear los procesos de autorización a nivel europeo.

Transcurridos no más de 4 años desde la entrada en vigor de la directiva, la Comisión tendrá que presentar un informe sobre la efectividad de la nueva norma.