El responsable informático del CReSA, en colaboración con investigadores de la UAB-CRAG, han desarrollado un software libre para el análisis masivo de datos de expresión génica generados por PCR cuantitativa a tiempo real (qPCR).
La qPCR sigue siendo la técnica de referencia para los estudios de cuantificación de la expresión génica debido a la gran sensibilidad y especificidad de la PCR. Esta genera datos de gran calidad sin la necesidad de validaciones posteriores.
Los recientes avances tecnológicos en el campo de la qPCR han permitido el estudio masivo de la expresión génica sin limitaciones en el número de muestras y reactivos utilizados. No obstante, en la actualidad no existen aplicaciones de software libre fáciles de usar para el análisis de estos datos.
La aplicación Data Analysis Gene (DAG) Expression se ha desarrollado con el fin de analizar de forma masiva datos de expresión génica utilizando el método de cuantificación relativa mediante curvas estándar y el uso de uno o más genes endógenos como normalizadores.
DAG Expression se ha desarrollado en Visual Basic.Net y es compatible con la mayoría de sistemas operativos de Microsoft (Microsoft Windows 7 o XP). Con el fin de familiarizarse con el programa, se incluye un manual detallado y un conjunto de datos de ejemplo consistente en un experimento de qPCR utilizando un microfluidic dynamic array™ IFC (48.48) de Fluidigm que contiene 48 genes (44 genes diana y 4 genes endógenos) y 48 muestras.
Este artículo ha sido publicado recientemente en: Ballester M, Cordón R, Folch JM. DAG Expression: High-Throughput Gene Expression Analysis of Real-Time PCR Data Using Standard Curves for Relative Quantification. PLoS One. 2013 Nov 18;8(11):e80385.
Política de comentarios:
Tenemos tolerancia cero con el spam y con los comportamientos inapropiados. Agrodigital se reserva el derecho de eliminar sin previo aviso aquellos comentarios que no cumplan las normas que rigen esta sección.