Cuando se reduce la flora natural en los subproductos se puede ir hacia una mayor recolonización por parte de otras bacterias patógenas, debido a la menor competencia. Por este motivo, un estudio financiado por la Asociación de Aves y Huevos de EEUU y realizado por la Universidad del Estado de Mississippi, ha analizado el efecto del compostaje de la cama de broiler en relación con su contenido de bacterias. El estudio ha comprobado que el compostaje reduce la presencia de bacterias patógenas durante las semanas 1 y 2. Sin embargo, al cabo de 7 semanas, el contenido de bacterias en la cama es igual si se ha hecho compostaje, como si no.

El estudio se realizó para determinar la recolonización de bacterias patógenas (por inoculación con Samonella, Campylobacter, Clostridium y Listeria), tanto en cama de broiler, tanto con compostaje como sin él. Otra de las finalidades del estudio fue la de identificar las bacterias asociadas a la recolonización de patógenos, así como correlacionar los niveles de amoniaco con la recolonización de patógenos.

Tras la inoculación, en la cama con compostaje era mayor la presencia de las bacterias inoculadas, pero a medida que fueron pasando las semanas, los niveles de ambos tipos de bacterias (las endógenas y las inoculadas) fueron igualándose, ya que las bacterias normales de la cama fueron dando alcance a las inoculadas. No se observaron diferencias en los niveles de amoníaco.