Un reciente proyecto de investigación ha comparado la expresión de los genes y las sustancias de las plantas entre cebada convencional y cebada MG. Los investigadores encontraron que no había diferencia entre los dos tipos de plantas analizadas, ni a nivel de la expresión de los genes ni de los metabolitos. También descubrieron que hay enormes diferencias genéticas entres las variedades convencionales. Entre dos variedades convencionales comparadas se detectaron unos 1.600 genes regulados de manera diferente.

En consecuencia, se podría decir que la mejora convencional provoca más cambios en las plantas que la introducción de un gen externo. El impacto de los transgenes está limitado a su misión concreta, según la opinión de los investigadores de la Universidad de Giessen y de la Universidad del Estado de Washington, que han realizado conjuntamente la investigación. Así, si se inserta en una patata un gen que biosintetiza fructano, esa patata transgénica biosintetizará fructano a diferencia de las convencionales, pero los científicos no han encontrado otras diferencias entre ambas.