La Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (AESA) es la primera en oponerse a cobrar tasas por sus dictámenes. La Comisión Europea lanzó una consulta pública sobre la posibilidad de que la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (AESA) cobrara una tasa por sus evaluaciones y de estar manera, contar con una forma estable de financiación. La AESA no comporte la opinión de la Comisión. Considera que si cobrara tasas, se vería comprometida su independencia. La Comisión no es de las misma opinión, porque opina que los Estados Miembro si cobran tasas por las evaluaciones que realizan a su nivel, trabajo que es mucho menor que el realizado por la AESA. Además, también la Agencia Europea del Medicamento cobra estas tasas, tanto en medicamentos para hombres como para animales.

Asimismo, la AESA opina que el cobro de tasas no supone una financiación estable, que parece ser el deseo de la Comisión. Cada año, el dinero recaudado dependería del número de evaluaciones realizadas. La AESA considera que debe de contar con un presupuesto. En todo caso, estima la AESA, si se cobraran tasas, debería ser la Comisión la que las recibiera.

Durante 2006, la AESA emitió 136 opiniones, algunas de las cuales fueron a petición de compañías privadas y otras de la Comisión Europea y el Parlamento Europeo. Tres de las opiniones emitidas fueron en relación a la colocación en el mercado de plantas modificadas genéticamente. También se evaluaron 8 aditivos alimentarios y 3 aditivos para piensos.

También se emitió un dictamen en relación con 3 informes relacionados con solicitudes de nuevos alimentos: zumo de noni, bebidas de arroz con fitoesteroles añadidos y aceite rico en DHA procedente de algas microscópicas.