Filutowicz y otros investigadores de la Universidad de Madison han llevado acabo un estudio para buscar nuevos antibióticos, que en lugar de matar bacterias, las hagan no dañinas. Los científicos opinan que las bacterias evolucionan rápidamente y que algunas ya han adquirido resistencia a un gran número de antibióticos.

El ADN de las bacterias viene en dos formas. Una, la cromosómica, que es necesaria para la vida de la bacteria, la otra la plasmídica, que contiene muchos de los genes indeseables de las bacterias, incluyendo aquéllos que confieren resistencia a los antibióticos o que dirigen la producción de toxinas.

Filutowicz ha estado buscando antibióticos que puedan selectivamente interrumpir la replicación del AND plasmídico. De esta forma, cuando la bacteria se reproduce, puede producir descendientes que están libres de plasmidios, los cuales o no son dañinos o son susceptibles a los antibióticos tradicionales.

En el Bacillus anthracis, agente causante del antrax, toda la virulencia se encuentra coficiada en los plasmidios. Si éstos se eliminan, la bacteria es totalmente inofensiva.

Para llegar al material genético de las bacterias, los investigadores han usado una técnica denominada metagenómica, desarrollada y patentada por otro profesor de la Universidad de Madison-Wisconsin. Antes de que se obtuviera esta técnica, los investigadores solo podían estudiar las bacterias que crecían en condiciones de laboratorio (un 2-3% de las especies bacterianas conocidas).