La producción de biocarburantes consume normalmente energía fósil, siendo además un asunto controvertido el balance energético entre producción y consumo, ya que según algunos estudios, en muchos casos si se consideran los consumos directos e indirectos de todo el proceso, puede salir un balance negativo poniéndose en tela de juicio el supuesto valor medioambiental de los biocarburantes.

Uno de los mayores consumos de energía fósil es de gas natural en la fabricación de bioetanol, que en el caso de la fabricación con maíz se usa para secar los granos, obtener vapor con el que licuar el almidón, así como para destilar el alcohol.

La Universidad de Iowa, uno de los estados de EEUU más productores de maíz y bioetanol está trabajando en la tecnología para hacer que las plantas de bioetanol puedan trabajar con biomasa en lugar de gas natural como fuente primaria de energía, con el fin de lograr un combustible más barato y un mejor balance económico y energético.

La biomasa utilizada sería restos del maíz o subproductos de la misma producción de bioetanol, desechos o cualquier otro tipo de biomasa, con la que se produce una mezcla de hidrógeno, monóxido de carbono y metano , que posteriormente se usa en los quemadores igual que el gas natural.