Ya son tres los países africanos afectados por la influenza aviar H5N1. En Níger, se ha constatado la enfermedad en una explotación avícola con aproximadamente 20.000 aves de corral de cría tradicional (varias especies). Esta localizada en Magaria de la región de Zinder, la cual se encuentra en la frontera con el estado de Kano (Nigeria), que fue el primer país africano donde se constató la enfermedad. Egipto fue el segundo país africano con la influenza aviar H5N1. El último foco de influenza aviar altamente patógena en Níger se produjo en octubre de 1995.
En Etiopía se ha confirmado la influenza aviar en una explotación avícola, pero todavía no se sabe si se trata de la H5N1 o no. Se han remitido muestras al Laboratorio de Referencia de la OIE para la influenza aviar y la enfermedad de Newcastle (Padua, Italia) para detectar de que cepa se trata.
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