La salmonellosis y la campylobacteriosis son las enfermedades zoonóticas en humanos más frecuentes en la UE, según ha puesto de manifiesto el informe 2004 de la Comunidad Europea sobre Tendencias y Fuentes de Zoonosis, Agentes Zoonóticos y Resistencia Antimicrobiana. En 2004, se registraron en los Estados miembro 192.703 casos de salmonellosis y 183.961 casos de campylobacteriorisis. En los últimos años, el número de casos ha descendido. No obstante, ahora las cifras globales se han incrementado como consecuencia de la adhesión.

La fuente más frecuente de Salmonella son las carnes de pollo y cerdo y los huevos. En el caso de Campylobacter, el origen de infección más dominante es la carne de pollo.

Yersinia ha provocado cerca de 10.000 casos humanos en la UE. El resto de zoonosis, como listeriosis, E coli producida por verotoxina y brucelosis han causado, cada una, entre 1.000 a 4.000 casos. El número de casos de listerioris y de E. coli tiende a aumentar mientras que los de brucelosis a disminuir.

De Trichinella, el número de casos ronda entre 300 y 400, cifra similar a la de Echinococcus. De Toxoplasma se han producido unos 2.000 casos. Dos personas de la UE han contraído la rabia, pero la infección se originó en países fuera de la UE.