Aunque todavía no se ha comenzado a comercializar, el algodón OGM tolerante a herbicida de segunda generación, conocido como Roundup Ready Flex, está ya despertando interés en los algodoneros norteamericanos.

Se trata de un algodón más tolerante aun al glifosato, que se puede aplicar en cualquier momento del cultivo. Las variedades actuales tolerantes al glifosato no permiten aplicaciones con plantas de más de 4 hojas. Una tolerancia a herbicida tan amplia puede cambiar las técnicas de cultivo, reduciendo de forma significativa los costes.

El algodón OMG tolerante al glifosato se cultiva en EEUU desde 1997, y en otros países como Australia y Argentina. Según un estudio de la Universidad de Sidney este algodón supone beneficios significativos para el medio ambiente al utilizarse un herbicida de muy baja toxicidad reduciendo el uso de herbicidas residuales y permitiendo un mínimo laboreo.

En el año 2004, un 30% del algodón de EEUU fue del tipo tolerante a herbicida solo, un 16% autoprotegido contra insectos (Bt) solo; y un 30% con ambas características OMG simultáneamente en la misma planta. En total el 76% del algodón sembrado fue de variedades con alguna característica transgénica.