A partir del próximo 1 de enero de 2006, en Holanda entrará en vigor un nuevo sistema de gestión de estiércoles, que sustituirá al que lleva en vigor desde 1998, de acuerdo con la información publicada en el Boletín Exterior del MAPA. El sistema actual, que se conoce con por sus siglas como MINAS, es un plan de contabilidad de elementos minerales, cuantificando en cada explotación las entradas y salidas del estiércol, con penalizaciones o multas por sobrepasamiento de las cantidades máximas establecidas de nitrógeno y fosfatos.

La Comisión Europea siempre ha venido mostrando su reticencia hacia este método, por considerar que contravenía la directiva nitratos. Las críticas se centraban especialmente a que dicho sistema no contenía ninguna limitación directa para la cantidad de estiércol que podía ser dispersada por el suelo y a que tampoco se tenía en cuenta las circunstancias climatológicas y geográficas.

En marzo de 2000, la Comisión decidió ir al Tribunal de Justicia. En octubre de 2003, el Tribunal concluyó que la política holandesa del estiércol no reunía las exigencias de la Directiva de nitratos, obligando a Holanda a diseñar una nueva política. El nuevo sistema se basará en cantidades máximas para el uso de nitrógenos y fosfatos.

Además, se ha acordado con la Comisión, que en 2009 Holanda cumplirá con la Directiva que impone un máximo de 50 mg de nitratos en las aguas subterráneas superiores. En cuanto a los fosfatos, en 2014 se tendría que haber llegado a un equilibrio entre la cantidad de fosfatos que se esparcen sobre la tierra y la absorción por los cultivos. La Comisión ha aceptado la llamada cláusula de derogación temporal que permite a Holanda una flexibilidad transitoria, estableciendo el máximo en 250 kg de nitrógeno/ha de abono mineral en pastos, superando los 170 kg de la Directiva.