Una alternativa a los sacrificios masivos de aves en los países asiáticos afectados por la gripe aviar es la vacunación. De hecho, este sistema ha sido utilizado en China e Indonesia y otros países lo están considerando. Sin embargo, la vacunación puede tener también consecuencias muy negativas, según ha puesto de manifiesto un artículo de la revista New Scientist.

En las aves vacunadas es muy probable que el virus H5N1 siga circulando. Las vacunas no son 100% efectivas, por lo que un pequeño número de virus puede seguir replicándose dentro del cuerpo del animal. Estas epidemias silenciosas son muy difíciles de localizar, pero pueden provocar brotes si se exponen animales no vacunados o si la vacunación termina. Además, el virus puede evolucionar en una forma vírica que no solo sea fatal a las personas sino que además, pueda extenderse de persona a persona.

En 1995, en México se dio un importante brote de gripe aviar que se frenó usando la vacunación. Sin embargo, el virus continuó circulando de forma silenciosa y se siguió vacunando. Al haber estado expuesto el virus a pollos vacunados durante años, se ha fomentado la evolución del mismo, con formas cada vez más diferentes.

Para eliminar los virus que circulan en aves que han sido vacunadas, un sistema de baja tecnología es colocar aves no vacunadas junto con aves vacunadas. Cuando el virus circula, las aves centinela desarrollan síntomas. La pega de este sistema de detección es que hay que contar con la total colaboración del avicultor, que puede tratar de sustituir las aves enfermas por otras sanas para impedir que le sacrifiquen la explotación.

Un sistema de alta tecnología es utilizar vacunas marcadas, que permite la distinción entre animales vacunados y animales enfermos. Italia fue el primer país que en 2002 eliminó la gripe aviar utilizando vacuna marcada.