Mientras que en 2002 se había constatado un descenso en el número de casos de EEB, en 2003 la situación se había vuelto la contraria. En 2001, la cifra ascendió a 110, en 2002 a 86 y en 2003 a 133. Este aumento no hay que tomarlo desde un punto de vista alarmista, según las declaraciones del Secretario de Estado de Agricultura, recogida por el diario luso Correio da Manha.

La administración portuguesa achaca este incremento a que se han aumentado el número de análisis, no porque la situación de la enfermedad haya empeorado. En 2003 se han analizado todos los animales muertos en las explotaciones por accidente, obligación establecida por la reglamentación comunitaria. En 2003 se analizaron 19.839 animales, cifra seis veces superior a la de 2002 y diecisiete veces mayor a la de 2001.