La autotoxicidad es el efecto negativo que produce un cultivo de alfalfa viejo sobre la germinación y el vigor de una nueva plantación, cuando esta se implanta en terrenos que habían estado antes también de alfalfa. Las plantas adultas de alfalfa segregan una toxina llamada medicarpina, que reduce la germinación y el crecimiento de las nuevas plántulas. La rotación del cultivo es la mejor manera de evitar este efecto.

Una investigación llevada a cabo durante tres años por la Universidad de Missouri, confirma que se debe esperar al menos 12 meses antes de resembrar un cultivo de alfalfa debido a este problema, aunque el efecto autotóxico varía según el tipo de suelos. Los suelos ligeros y arenosos son más tóxicos en el corto plazo, pero las toxinas se lavan más rápidamente, lo contrario que en los suelos más fuertes. No se ha encontrado diferencia entre las diferentes variedades de alfalfa del efecto de autotoxicidad.