La aplicación de la ingeniería genética en los insectos puede ser un instrumento de la mayor importancia en la lucha contra enfermedades y plagas agrícolas, según la Iniciativa Pew sobre biotecnología.

Los insectos se pueden transformar genéticamente de forma que no transmitan enfermedades al hombre o a los animales, para controlar o reducir su población, para hacer que insectos beneficiosos como las abejas sean más resistentes o para producir proteínas de usos farmacéutico en substancias como la seda, entre otras muchas posibilidades.

A diferencia de las plantas, los insectos tienen una gran movilidad y capacidad de difusión en el medio ambiente y su aplicación reside en muchos casos en la clara intención de que la modificación genética sobreviva, se reproduzca y sea dominante en la población silvestre, por lo que se requieren las mayores precauciones.

Algunas aplicaciones ya existentes son gusanos rosados del algodón con un gen letal para su descendencia, que contienen además un gen de medusa como marcador para hacer un seguimiento de su difusión, gusanos de seda que producen colágeno y genes que limitan la capacidad reproductiva de insectos, que podrían ser aplicados en los vectores de enfermedades como la malaria, la enfermedad del sueño, el dengue, chagas y otras.