Un asunto relacionado con la soja ha desencadaenado un incidente diplomático entre las Estados Unidos y Brasil. Brasil ha expulsado del país a un investigador norteamericano del USDA por violar protocolos y mantener una actitud sospechosa en relación con la enfermedad de la soja provocada por el hongo de la roya asiática, Phakopsora pachiyrhizi.

El inspector del USDA (APHIS) había recibido permiso para visitar la región de Barreiras para certificar un cargamento de soja como libre de la enfermedad. Con posterioridad solicitó entrevistas con las autoridades brasileñas de inspección vegetal (DDIV) y otras agencias agrarias estatales, visitando campos de cultivo y realizando diversos análisis. Finalmente redactó un informe en el que proponía medidas restrictivas al comercio de soja entre EEUU y Brasil para evitar la propagación de la enfermedad, que han sido consideradas inaceptables por las autoridades brasileñas, determinándose el regreso a EEUU del delegado del USDA, que, según las autoridades brasileñas se ha extralimitado en sus funciones, ya que tenía en principio como único objetivo certificar la sanidad de un cargamento.

La roya de la soja (Phakospora pachyrizi) es un hongo originario de China, la zona de origen de la soja, de donde pasó a África y de allí a toda Sudamérica en los últimos años. Norteamérica está por el momento indemne de la enfermedad. La virulencia del hongo y el que cause o no pérdidas importantes está íntimamente ligado con las condiciones del clima en cada estado vegetativo. Los ataques severos se dan si persiste el clima húmedo y suave, mientras que la enfermedad se detiene cuando hace calor y poca humedad. Según diversas fuentes, la presencia de este patógeno costó a Brasil en la última cosecha una merma de producción del orden de 2,2 millones de Tm, sobre un total de 51 millones.

EEUU, el mayor productor mundial de soja con unos 73 millones de Tm, exportando unos 26 millones de Tm. Brasil produce unos 51 millones de Tm, de las cuales exporta unos 37 millones de Tm. Argentina es el tercer exportador mundial con una producción de 35 millones exportando algo más de 9 millones. Paraguay tiene una producción en torno a 2,9 millones de Tm, de las que exporta casi la totalidad. China produce más de 15 millones de Tm, pero debe importar unos 10 millones para satisfacer sus necesidades.